Dopo aver compiuto gli studi classici, si è laureato in organo, direzione. Come direttore d´orchestra ha ricevuto impulsi privati da Eugen Jochum e Claudio Abbado.
Con quest’ultima ha eseguito le più note Messe di Haydn, Beethoven, Schubert, Bruckner e Puccini, nonché la Missa in si minore e la Passione secondo San Matteo di Bach, il Requiem di Mozart, la Messa di Requiem di Verdi, il Deutsches Requiem di Brahms e gli Oratori di Händel, Haydn, Mendelssohn, Dvorak.
In queste occasioni ha diretto prestigiosi solisti quali Matthias Görne, Roberto Sacca, Harald Stamm, Marga Schiml, Monica Pick-Hieronimi, Julie Kaufmann, Peter Schreier, Hermann Prey, Aldo Baldin, Monica Frimmer e Peter Lika.
Come direttore d’orchestra, Skudlik è impegnato con numerosi concerti e sinfonie di Mozart, Beethoven (9. Sinfonia) e Bruckner (Sinfonie 4,7,8 e 9) Mahler (2,3,4 e 5 Sinfonia) con membri del Orchestra Sinfonico della Radio Bavarese , un organico dell’ orchestra filarmonico di Berlino e il Orchestra of the Age of Enlightenment (Londra) in Germania, Spagna, Italia, Francia, Grecia e Portogallo.
Come organista e clavicembalista, Johannes Skudlik ha tenuto numerosissimi concerti in tutta Europa, Islanda, Stati Uniti e Giappone (St. Petersburgo: Philharmonia, Tokyo: Concert Hall; Boston: Harvard University; Hong Kong: Philharmonic Orchestra; Monaco: Philharmonic Orchestra; New York: St. Bartholomew´s; Parigi: St. Clotilde; St. Eustacchio, Zurigo: Tonhalle, ed inoltre nelle Cattedrali di Westminster, Siviglia, Salamanca, Amburgo, Colonia, Losanna, Varsavia; e per i festivals di Zurigo, Copenaghen, Milano, Verona, Palermo, Anversa, San Sebastian, Valencia e Porto).
Ha inciso 30 compact disc di organo, clavicembalo e musica da camera (fra cui il „Requiem“ di Verdi ed „Elijah“ di Mendelssohn con l’Orchestra Sinfonica della Radio Bavarese di Monaco).
Come clavicembalista ha registrato i Variazioni Goldberg e il Piano Bentemperato di Bach.
Ha effettuato numerose registrazioni per importanti emittenti europee ed americane, fra cui la Rias di Berlino, la WGBH di Boston, la Bavaria TV e Broadcasting, RAI uno Italia e la Televisione polacca.
Dal 2005 Johannes Skudlik è direttore artistico del Festival organistico Europeo “Via Claudia Augusta” con 50 concerti fra Landsberg (Germania) a Venezia e dal 2006 é direttore artistico del Bayerischer Orgelsommer.
Johannes Skudlik è il fondatore e direttore del Euro Via Festival “Roma – Santiago”, que è eseguito fra 10 nazioni europei inclusi i piu famosi luoghi dell´organo come Notre Dame de Parigi, la Cattedrale di Westminster, San Marco di Venezia, la Filarmonia di Berlino.